Nuestra nación cuentan con extensos ecosistemas y sistemas litorales costeros (SMC) que proveen de una diversidad de servicios productivos (algunos virtualmente inexplorados) que tienden al bienestar humano, en el sentido del Millennium Ecosystem Assessment (MEA 2003).
El programa de Doctorado en Ciencias Aplicadas Mención Sistemas Marinos Costeros acreditado por la CONAP, innova en Chile en focalizar -con una visión sistémica- el entrenamiento avanzado de graduados para innovar, emprender, planificar y desarrollar investigaciones originales e independientes en las diversas temáticas y problemáticas de los SMC y sus servicios.
Nuestro propósito es lograr la formación estratégica de los graduados del más alto nivel que permitan asegurar el desarrollo productivo sustentable, de sus recursos y sus servicios, con una declarada vocación social focalizada no sólo en problemas globales y regionales, sino también locales. En nuestro enfoque privilegiamos la investigación aplicada entendida como investigación básica con motivación y compromiso aplicado en los SMC, siendo por ello un programa de doctorado único en su género en Latinoamérica. Las áreas de especialización en las que nuestro cuerpo académico tiene sus fortalezas son el Manejo Costero Integrado y Holístico, la Microbiología Aplicada, la Biotecnología, la Evaluación de recursos costeros y la Acuicultura, entre otras. Adicionalmente académicos del programa estan relacionados con el sector privado y público a través de de diversos proyectos (Fondef e Innova Chile, entre otros) en los cuales diversas empresas productivas y servicios públicos participan como socios activos de estas iniciativas.  El programa necesita fortalecerse en áreas tales como, Oceanografía Biológica Costera, Ecofisiología Marina Experimental, Administración, manejo de recursos y Dinámica de poblaciones, para lo cual se necesita la contratación de nuevos doctores, que consoliden nuestras fortalezas y minimizen nuestras debilidades. Por otra parte se requiere desarrollar un conjunto de actividades que apoyen estadías de cuadros nacionales e internacionales, becas de doctorandos, que estimulan el desarrollo de convenios con centros de excelencia en C&T + Innovación en SMC
Nos proponemos aportar de modo significativo en la formación estratégica de capital humano avanzado y de excelencia en el ámbito de aplicación de los SMC y sus servicios al hombre, mejorar la dotación de académicos con grado de doctor en el programa y por ende en la FAREMAR, con impacto positivo en los índices de calidad académica de la UA y en la generación de mayores y mejores capacidades nacionales de educación avanzada, desarrollo productivo, investigación, e innovación en los SMC y sus servicios al hombre.